Pomimo formalnego połączenia działalności harcerstwa polskiego z Komendą AK na terenie Kowna praktycznie nadal istniały dwie siatki działalności podziemia polskiego: harcerskie i dawne AK oparte na grupach Polaków wiekiem starszych – przeważnie byłych studentów i członków świetlic polskich. Obie te siatki były podległe komendantom obwodów. Szczególnie jaskrawo ten podział występował w obwodzie kowieńskim.
Najliczniejszym obwodem na Litwie, moim zdaniem, był obwód kowieński, ponieważ miał najliczniejszą Polonię. Na terenie Kowna istniały dwie komórki legalizacyjne – Anatola Joczyno, absolwenta Wyższej Szkoły Plastycznej w Kownie i grupa Jarosława Brzozowskiego. One początkowo zaopatrywały w fałszywe dokumenty wszystkich „spalonych” członków polonii litewskiej, ponieważ na terenie Litwy w czasie okupacji działalność AK i Polonia litewska były pojęciami jednoznacznymi. Dzięki działalności tych komórek mnóstwo ludzi ocalało.
Obwód kowieński posiadał również drużynę do zadań specjalnych całkowicie złożoną z harcerzy zastępu Maćka Jurewicza, dowodzoną przez tego Maćka ps. „Nowy”, która w ramach jednego z takich zadań specjalnych zdobyła blankiety dowodów osobistych, dzięki którym „Legalizacja” mogła wystawiać więcej fałszywych dowodów osobistych.
Drugą akcją tej drużyny było zdobycie planu miasta Kowna z zaznaczonymi na nim budynkami zajętymi przez wojsko niemieckie, Gestapo, milicją, i inne strategiczne obiekty. Podstawową jednak działalnością tej grupy było zdobywanie broni i rowerów niemieckich, które przekazywano na Wileńszczyznę do oddziałów partyzanckich.
Nasz kolega, inż. Cz. S. pamięta artykuł umieszczony w końcu 1941 r. albo na początku 1942 w litewskiej gazecie, w której dziennikarz domagał się, korzystając z okupacji Litwy przez Niemców, rozprawienia się z dwoma mniejszościami narodowymi zamieszkałymi na terenie Litwy: wróg nr 1 to mniejszość żydowska i wróg nr 2 – to mniejszość narodowości polskiej.

W niedługim czasie po ukazaniu się tego artykułu, Niemcy przy intensywnej i chętnej pomocy Litwinów rozpoczęli represje przeciw Żydom i Polakom.

Aresztowania wśród Polonii w roku 1942
Na przełomie marca i kwietnia 1942 roku „Saugumas” aresztowało kilkunastu przedwojennych aktywistów Polonii litewskiej w tym: 1) Romka Klonowskiego, 2) Józefa Leonowicza, 3) Jarosława Kiełczewskiego,  
4) Zygmunta Rutkowskiego, 5) Zygmunta Borysowicza, 6) Brunona Joczyna, 7) Czesława Grajewskiego (z Polskiego Banku), 8) Pawła Mikulicza Radeckiego, 9) Janusza Klonowskiego, 10) Czesława Poderskiego, 11) Jana Poderskiego, 12) Irenę Kutkiewiczównę, (?) 13) Jankę Baumdykierównę.
Po paru miesiącach badań i przebywania w więzieniu, aresztowani Polacy skierowani zostali do obozu koncentracyjnego w Prowieniszkach, gdzie kopali torf. Klonowski Romuald został zwolniony w lipcu 1942 r.
W dniach 9 i 11 listopada 1942 r. nastąpiło aresztowanie następnej grupy polskiej młodzieży a Kownie, w której znaleźli się: 1) Marysia Baumdykierówna, 2) Renia Baumdykierówna, 3) Zofia Chrystowska 4) Irena Staniszewska (Chrystowska) 5) Witold Czerek, 5) Stach Czerek, 7) Władysław Dowtortt, 3) Mieczysław Dowtortt, 9) Adam Dowtortt, 10) Zbigniew Dowtortt,
11) Jan Dowtortt, 12) Wanda Urbanowicz (Dowtortt), 13) Krystyna Dowtortt, 14) Adolf Giżyński, 15) Irena Górska, 16) Franek Jegliński, 17)Kornarzewski, 18)Kubiak, 19) Irena Kutkiewiczówna, 20) Janka Borowska, 21) Ala Stumbrewiczówna, 22) Stefka Stumbrewiczówna, 23) Franek Jegliński 24) Janka Gołębiowska, 25) Czesław Poderski, 26) Jan Poderski, 27) Wanda Martyszewska, 28) Maria Dawidowiczówna, 29) Todzia Konarska, 30) Janka Baumdykierówna.
W czasie pobytu w jednej celi kowieńskiego więzienia sześciu dziewcząt: Irena Górska, Marysia, Renia i Janka Baumdykierówny, Todzia Konarska i Wanda Martyszewska ułożyły w dniu 15.11.1943 następujące słowa do melodii „Czy to w dzień czy o zachodzie”:

„Z smutnych murów poza kraty mącąca pokój cel
Płynie nasza pieśń tęsknoty – niesiona kędyś w dal.

W słońcu czy w blasku gwiazd
Smutek wciąż gnębi nas.

I siedzimy wciąż bez zmiany, płyną miesiące, dnie
 Gdzieś tam został ukochany, a z nim i serce me
I tak kochania żal, tęsknotę ślemy w dal,
Ale każda kiedyś wróci do najmilszego znów.”

Dziewczęta śpiewające tę piosenkę były w wieku od 16 do 19 lat. Janka Gołębiowska była podobno jedyną aresztowaną Polką, która w czasie badania w Gestapo była torturowana.
Aresztowanym Dowtorttom (7 członków rodziny) i Adolfowi Giżyńskiemu zarzucano przechowywanie broni i amunicji, toteż poddano wszystkich mężczyzn tej grupy okrutnym torturom. Najgorzej torturowani byli: Władysław Dowtortt „Pigułka” i Adolf Giżyński oraz pozostali bracia Dowtorttowie. Władysława Dowtortta Niemcy rozstrzelali w 1943 roku. Podobno Giżyński w śledztwie oświadczył, że on jest przywódcą harcerstwa polskiego na Litwie i przejął całą winę działalności harcerstwa w czasie okupacji na siebie, ale twierdził, że nasze harcerstwo zajmuje się jedynie zabawami i grami harcerskimi, nie mającymi nic wspólnego z działalnością antyniemiecką. Słyszałem opinię, podobno wyrażoną przez przesłuchującego Giżyńskiego gestapowca Gotschalta, że tak dzielnie zachowującego się więźnia w czasie tortur jeszcze nie spotkał. Podobno rodzina Giżyńskiego, za pośrednictwem Polki, kowieńskiej śpiewaczki operetkowej – Rodziewiczówny, przekupiła gestapowców, którzy zgodzili się pozostawić Giżyńskiego przy życiu, zsyłając go do obozu pracy. W czasie torturowania więźniów Niemcy i Litwini wieszali więźniów za ręce związane na plecach, co powodowało po pewnym czasie wiszenia wyłamywanie się stawów w ramionach. Wszyscy Dowtorttowie byli w ten sposób torturowani. Rodziny aresztowanych czyniły starania wykupienia wiezionych za łapówki, które Niemcy przyjmowali przez pośredników. Dziewczęta w czasie badań były traktowane poprawnie i większość aresztowanych po paru tygodniach zwolniono do domu – w pojęciu rodzin – za łapówki.
Część aresztowanych jak siostry Stumbrewiczówny przebywały w więzieniu do marca 1943 roku, kiedy wywieziono je do obozu koncentracyjnego w Prowieniszkach. W lipcu 1943 r. zostały zwolnione z Prowieniszek do domu. W tym czasie w obozie w Prowieniszkach przebywali Witek Czerek, Teodor Gruszecki, dwaj bracia Poderscy, dwaj bracia Szpeccy, Franek Jegliński, Adam Dowtortt. Z dziewcząt – Marysia i Renia Baumdykierówny, Irena Kutkiewiczówna, Wanda Martyszewska, Irena Górska, Helena Raczkowska, Teresa Wojtkiewiczówna, Alina i Stefania Stumbrewiczówny.

Prześladowania ze strony Niemców  i Litwinów
W styczniu 1943 r. najaktywniejsze kowieńskie rodziny polskie zostały aresztowane i wysłane do obozu w Prowieniszkach. Po miesiącu pobytu w obozie rodziny te zwolniono z Prowieniszek, ale nakazano im osiedlenie się w Wilnie, a ich mieszkania kowieńskie wraz z dobytkiem zostały zajęte przez rodziny niemieckie. Przypuszczam, że koncepcja przenoszenia aktywistów polskich z Litwy na Wileńszczyznę mogła być też inspiracją litewską, ale nie mam na to żadnych dowodów.
Podobne akcje przeprowadzane były przez Niemców i Litwinów przeciwko Polakom na całej Litwie. W powiecie rosieńskim aresztowano najaktywniejszych Polaków w lipcu 1942 r. zabierając ich gospodarstwa – przeważnie zamożniejsze, jak u nas nazywano – dwory. Aresztowanych umieszczono w obozie w Bilewiczach, w których przed rokiem Litwini wymordowali Żydów. W obozie tym znaleźli się: Czesław i Eugenia Wojniłłowiczowie, Władysław i Anastazja Wojniłłowiczowie, Eugeniusz Korodecki (którego brat Witold został zastrzelony podczas próby ucieczki w czasie aresztowania), Pancerno i inni.
Majątki odebrane Polakom zajmowali Niemcy z całym wyposażeniem wewnętrznym.
W majątku Dowgirdów w Ginejciach
Przed aresztowaniem naszej rodziny, która wtedy gospodarzyła w majątku Ginejcie, uprzedzili życzliwi sąsiedzi Litwini – tacy też bywali w środowisku litewskim. Sąsiedzi twierdzili, że po aresztowaniu Polacy mają być rozstrzelani, tak jak przed rokiem Żydzi. Słyszałem plotkę, że z taką propozycją zwróciła się do Niemców pewna grupa nacjonalistów litewskich, ale Niemcy nie wyrazili zgody na rozstrzeliwanie przez Litwinów Polaków z Litwy.
Ja osobiście uciekłem z Ginejć i w ten sposób uniknąłem aresztowania. Jako ciekawostką dla obecnie prowadzonych dyskusji w 1990 roku na temat okrutnego wypędzania Niemców przez Polaków w 1945 roku, chcę podać następujące dwa porównania:
 1) W lipcu 1942 roku Niemcy na terenie Litwy zabierali ziemię – gospodarstwa tylko Polakom, równocześnie aresztując całe rodziny ze starcami, chorymi i dziećmi oraz osadzając wszystkich w obozach pożydowskich. 2) Ja osobiście uciekając przed aresztowaniem z naszego majątku – Ginejcie – nic nie zabrałem z domu. Po paru miesiącach, jak aresztowanych Polaków w ramach konfiskaty majątków zwolniono z obozów, pojechałem do Niemca zarządzającego naszym majątkiem z prośbą, żeby pozwolił zabrać z domu chociaż trochę moich ubrań, mebli i żywności. Niemiec powiedział mi, że niestety nie może pozwolić na zabranie czegokolwiek z mojego majątku, a równocześnie zaznaczył, że on ma własny majątek w Prusach Wschodnich i jeżeli Niemcy przegrają wojnę i ja przyjadę zabierać jego majątek, to on też niczego nie zabierze wtedy ze swego majątku i nie będzie miał żadnych pretensji do Polaków.
Młodzi Polacy aresztowani w Billewiczach zostali wywiezieni do Niemiec na roboty przymusowe, a osoby starsze – niezdolne do pracy wysiedlono do innego powiatu.
Struktura organizacyjna AK
 Podokręg Kowieński „Klon” dzielił się na 7 Obwodów.

1. Kowno „Klon czerwony” – komendant Mieczysław Raczkowski ps. „Ścibor”
a/ Rejon Kowno miasto – komendant  Kazimierz Wędzicha ps. „Grzegorz”
b/ „Rosienie – komendant Marek Juszkiewicz
zastępca komendanta Janusz Januszkiewicz ps. „Józef”
c/ „Czekiszki – komendant Marian Kieraszewicz
d/ „Rumszyszki – komendant Zbigniew Górski ps. „Janek”
e/ „Uniaże–Bobty” – komendant Jozef Markowski

2. Kiejdany „Kasztan” – „komendant Mieczysław Monkiewicz „Smętny”

 3. Poniewież „Pomarańcza” – „komendant Norbert Ludkiewicz „Karol”; zastępca Marta Burbianka
a/ Rejon Wschód – Komendant Aleksander Januszkiewicz „Koza”
b/ „Zachód” – komendant Julian Iwaszkiewicz „Ferdynand”

4. Wiłkomierz „Wiśnia” – komendant    Mieczysław Bystram    ps. „Natan”; zastępca Zygmunt Czernik ps. „Stefan”
a/ Rejon Szyrwinty – komendant Franciszek Burdynowski    ps. „Bolesław”
b/ „Kurkle“ – komendant Kazimierz Bystram ps. „Żmija”
lekarz Jan Maciej Brzozowski, ps. „Sowa”.

5. Szawle „Sosna” komendant – Teodor Nagórski
zastępca – Donat Rojcewicz

6. Jeziorosy „Jasion” – komendant Janusz Kozakiewicz „Jeremiasz”; zastępca – Karol Mikutowicz „Igła”

7. Olita „Orzech” – Feliks Żubr „Madej”  
CDN
Jerzy Dowgird